Terdapat tujuh buah badan khas di MOZAC. Terdapat Badan Pengawas, Badan Dakwah dan Kerohanian Islam (BADRI), Majlis Sistem Rumah (MSR), Pengawas ICT (BRIGADE), Pengawas Perpustakaan Sekolah (PPS), Pengawas Koperasi MOZAC (KOSMOZ) dan Pembimbing Rakan Sebaya (PRS). Badan Pengawas, BADRI dan MSR boleh dikatakan berkolaborasi membentuk sebuah organisasi yang besar kerana berperanan penting dalam mengawal pelajar. Ketiga-tiga badan khas ini mempunyai ketua masing-masing yang diketuai pula oleh Ketua Pelajar. Ketua Pelajar dipilih berdasarkan aspek-aspek yang tertentu. Manakala empat badan-badan lain mempunyai ketua masing-masing dan boleh dianggap sebagai badan bukan kerajaan kerana memainkan peranan masing-masing dalam membantu pengurusan sekolah.

Pengawas ICT memainkan peranan penting dalam segala perkara berkaitan ICT. Contohnya, badan ini bertanggungjawab menyediakan Sistem PA dan penayangan media pada setiap majlis seperti Malam Anugerah Muzaffar (MAM). Badan ini juga bertanggungjawab menguruskan dan mendaftar pelajar-pelajar yang membawa gajet ke sekolah untuk direkodkan di dalam sistem. Pengawas Perpustakaan Sekolah pula bertanggungjawab menguruskan Perpustakaan. PRS membantu menjayakan program-program motivasi dan menjadi tonggak utama dalam kemenjadian murid di sekolah. KOZMOZ pula bertanggungjawab menguruskan koperasi sekolah dan koperasi asrama.

Terdapat empat buah rumah sukan di MOZAC termasuklah Bendahara (Kuning), Syahbandar (Hijau), Temenggung (Merah) dan Laksamana (Biru). Empat buah rumah ini bersaing antara satu sama lain untuk mendapatkan gelaran rumah terbaik yang akan diumumkan pada Malam Anugerah Muzaffar (MAM) pada setiap tahun.

Sukan yang terkenal di MOZAC ialah ragbi (MOZAC Highlanders), hoki (MOHOC), bola lisut, bola keranjang, bola tampar, bola jaring, dan bola sepak. Sukan-sukan lain yang juga dimainkan oleh pelajar termasuk sepak takraw dan badminton. Antara unit beruniform yang ada di sekolah ini ialah Persatuan Kadet Bersatu Malaysia (PKBM), Persatuan Puteri Islam (PPI), kadet Remaja Sekolah (KRS), Pengakap Udara, kadet Jabatan Pertahanan Awam Malaysia (KAPA), Persatuan Bulan sabit Merah (PBSM) dan pancaragam. Semasa Hari Ko-Kurikulum, terdapat pertandingan kawad kaki. Untuk divisyen pertama, badan-badannya ialah PKBM, KRS dan IHPR. Untuk divisyen kedua, ia terdiri daripada KAPA, PBSM dan Pengakap Udara.

Pengkhususan MOZAC ialah Penyelidikan dan Pembangunan (R&D). Terdahulu apabila ia menerima status Sekolah Kluster, terdapat tiga bidang khusus iaitu k-teroka (R&D), e-Mozac (ICT) dan e-Tinta (Penulisan). Walau bagaimanapun, ketiga-tiganya telah digabungkan menjadi R&D pada tahun 2012. Kebelakangan ini,[bila?] MOZAC telah dikenali perintis dalam pelbagai bidang. Pada tahun 2009, sekolah ini telah menghasilkan pemacu kilat sendiri dipanggil i-Mozac. Lampu di sekolah sepenuhnya menggunakan LED yang dipasang oleh pelajar sendiri. Sekolah ini juga dikenali dengan robotik dan program F1 in school.